2013年以来，富源法院认真贯彻执行各项刑事法律法规和刑事司法政策，2013年1月至2015年6月，共收刑事案件883件，涉案1456人，结案828件1366人。有力地打击了各种刑事犯罪，保护了受害人合法权益，维护了社会稳定。但仍然存在不少困难和问题，主要表现在以下九个方面：
一、案多人少的矛盾比较突出。一方面随着经济发展与社会改革步伐的不断加快，严重暴力犯罪、黑恶势力犯罪和重大职务犯罪、团伙犯罪、流窜犯罪及其他新型犯罪不断涌现，加剧了刑事审判工作难度。由于法院政法编制有限，刑事审判力量严重不足，制约了刑事审判工作的开展。
二、职务犯罪案件审理难度大。一是基于各种因素，职务犯罪的被告人大多有较为复杂的社会关系，其亲属常常通过各种途径来给法院、法官施加压力；二是侦办职务犯罪的部门不唯一，承办法官有时难以从案件材料中把握案件的侦破、被告人的归案等事实真相，从而造成对自首、立功等情节的认定难度较大；三是由于现行法律规定的量刑幅度不是很科学合理，造成涉案数额差别非常大，而刑期却难以拉开差距，从而使相关人员认为量刑不公；四是对职务犯罪的被告人适用非监禁刑的标准很难把握。
三、刑事自诉案件审理难度大。刑事自诉案件中主要是轻伤案件，富源法院2013年受理刑事自诉案件41件，2014年受理刑事自诉案件50件，2015年上半年已受理刑事自诉案件35件，有逐年上升的趋势。对轻伤案件，公安机关接到报案后，因各种原因，未能立案侦办，只进行初步的调查落实，而当被害人向法院提起自诉时，有些证据材料已时过境迁，很难调取，造成案件事实难以查清，给案件的处理带来较大难度。同时对法院决定逮捕的自诉案件的被告人，由于公安机关对承办单位及承办民警的考核等方面因素的影响，各派出所往往不愿意执行逮捕，造成收监执行难的问题一直存在。
四、证人出庭难度大。因历史、文化等原因，中国人大多有“多一事，不如少一事”的传统思想，公安机关在侦查过程中，有关证人尚且不愿意作证。在庭审时，面对相关当事人，有关证人更不愿意出庭作证。如果采取强制到庭作证的举措，按现行审限规定和法院有限的审判力量，实难有效开展；同时还有一种情况难免会发生，即证人被强制到庭后仍然不作证，法庭审理将更加被动。
五、辩护律师参加刑事诉讼比率较低。对于被告人而言，在面临着被定罪处刑的关键性审判阶段，其辩护权应当得到充分和有效的保障。尽管修订后的刑事诉讼法使辩护制度取得较大进步，然而我国刑事庭审中律师出庭辩护率仍然比较低。2013年以来，富源法院审结的刑事案件中，律师出庭担任辩护人的比率不足20%。
六、公诉机关撤诉难。对于证据不足，需要补充侦查的案件，依照相关规定，公诉机关可以撤回起诉，但由于各种考核等因素的影响，公诉机关一般都不同意撤诉，造成案件长期存放于法院，由公诉机关要求侦查机关进一步补充侦查，从而造成表面上看起来法院审理案件的期限非常长，而实质上很多工作均还在由侦查机关和公诉机关实行中，由此造成一定的社会负面影响。
七、部分刑事案件对罪犯收监执行难。部分案件被告人患有暴力倾向的精神性疾病或传染性疾病，监狱依照相关规定予以拒收，但这类被告人如果放在社会上，对社会具有极大的危险性，更不利于社会的和谐稳定，被害人也极为不满，甚至感到人身安全得不到保障。
八、强制医疗案件的执行问题。修订后的刑事诉讼法规定对实施暴力行为，危害公共安全或者严重危害公民人身安全，经法定程序鉴定依法不负刑事责任的精神病人，有继续危害社会可能的，可以由人民法院决定予以强制医疗。根据最高人民法院关于适用刑事诉讼法的解释的规定，人民法院决定强制医疗的，应当在作出决定后五日内，向公安机关送达强制医疗决定书和强制医疗执行通知书，由公安机关将被决定强制医疗的人送交强制医疗。但公安机关对强制医疗的执行尚未作出任何规定，造成公安机关应当送何医疗机构执行，执行中应采取什么措施，医疗费用如何处理等难以解决，造成对这类案件无法执行。富源法院于2013年11月审结的被申请人尹某强制医疗案，经作出强制医疗决定后，将决定书及执行通知书送达给公安机关，但因前述原因，至今执行回执仍未返回。
九、对监外执行的罪犯追逃难。根据修订后的刑事诉讼法及最高法院关于适用刑事诉讼法的解释的相关规定，人民法院判处缓刑和决定暂予监外执行的罪犯，由社区矫正机构（即罪犯居住地的县级司法行政机关）负责执行，并实行社区矫正。在执行过程中，如果罪犯违反相关规定，应当收监执行的，经执行机关建议，人民法院审查后，将作出撤销缓刑、收监执行原判刑罚的裁定或者作出收监执行的决定，裁定或者决定作出后，由执行机关将罪犯送交相关监狱执行刑罚，罪犯在逃的，根据相关规定，由公安机关负责追逃，司法行政机关协助。根据公安部的规定，上网追逃必须有刑事拘留决定手续或者逮捕决定手续，而根据刑事诉讼法的规定，刑事拘留决定和逮捕决定针对的对象只能是犯罪嫌疑人或者被告人，对罪犯则不适用，从而造成对前述在逃罪犯难以上网追逃。